Bioinformatique, l’outil informatique des biologistes 2017-2018

Bioinformatique, l’outil informatique des biologistes 2017-2018

  • mCatégorieOutils Numériques
  • PublicDoctorant.e.s en biologie
  • Durée2 jours
  • Inscription

Cette formation est destinée à donner un aperçu concret de l’outil informatique dans le domaine de la biologie moléculaire, en particulier pour l’utilisation des bases de données et l’identification de caractéristiques biologiques simples. La deuxième partie de la formation fournira quelques connaissances bioinformatiques théoriques pour pouvoir mieux manipuler les programmes les plus utilisés, savoir notamment maîtriser le paramétrage et l’exploitation des résultats dans les programmes de comparaisons de séquences.

 

         Première partie

– Présentation des outils d’analyse de séquences.
– Manipulation des programmes : exemples, pièges à éviter
– Manipulation de programmes simples (carte de restriction, parties codantes…).
– Principales bases de données de séquences biologiques,
           Bases généralistes. Bases spécialisées.
– Modes de consultation des bases (SRS, Entrez…).
– Manipulation de programmes plus complexes (recherche de motifs ou de signaux, recherche de similitudes entre séquences…).      

      Deuxième partie

– Principales méthodes présentes dans les programmes de comparaison de séquences :
         Recherche d’identité. Recherche de similitude. Recherche d’alignement.
– Comparaisons entre deux séquences.
– Comparaisons entre une séquence et une base de données :
         les programmes standards FASTA et BLAST.
– Estimation des résultats obtenus
– Disponibilité des programmes sur le réseau Internet.
– Exploitation biologique des résultats.

L’enseignement comprend des exposés théoriques suivis d’exercices pratiques effectués directement sur ordinateurs PC ou Macintosh connectés au réseau Internet.

Les étudiants pourront utiliser un site web d’autoformation en dehors des périodes de cours afin de compléter et d’approfondir certaines notions.

Il n’y a pas de niveau nécessaire pour cette formation, sinon de comprendre les concepts de base en biologie moléculaire, concepts maitrisés en principe par les doctorants des écoles doctorales en biologie.

Compétences développées

La formation permet d’acquérir des compétences devenues indispensables pour les biologistes qui travaillent dans des laboratoires publiques ou privées.

Au terme de la formation, les personnes sauront utiliser des interfaces web pour consulter, rechercher et extraire des données à partir des principales bases de données du domaine, mais aussi interpréter biologiquement les résultats des programmes d’analyse de séquences biologiques les plus utilisés.

Christian Fondrat : PhD, Bioinformaticien, responsable adjoint du service de pédagogie numérique de l’université Paris Descartes.    


  • Email (contact pédagogique, pour toutes questions sur le contenu de la formation uniquement) : christian.fondrat@parisdescartes.fr   
  • Date : 22 et 23 mars 2018 de 9h00 à 17h30
  • Lieu : Université Paris Descartes – 45 rue des St Pères, 75007 Paris
  • Durée de la formation : 2 jours
  • Nombre de jours validés par le Cfdip : 2 jours

  • Pré-requis : Cette formation s’adresse aux Doctorants en biologie, sans compétences préliminaires en informatique sinon l’utilisation basique d’un ordinateur.
  • Public visé : Doctorant.e.s en biologie
  • Effectif : 12 places maximum